El Santuario de Fortuna es uno de los yacimientos romanos  más importantes excavados en España. Conocido desde 1999, ha sido objeto de numerosas campañas arqueológicas que han sacado a la luz un espectacular complejo religioso de cabecera tripartita y articulado en torno a una piscina y un canal central.

El yacimiento, excavado sólo una parte, forma parte de un enorme conjunto que se extiende por las casas vecinas y por debajo de los actuales Baños de Fortuna. En prospecciones de superficie realizadas por el entorno del Balneario se ha documentado numerosa cerámica de época romana contemporánea al período de máximo auge del edificio romano (s. I y II d.C.) y que ha permitido a los investigadores delimitar aproximadamente la superficie ocupada por el yacimiento.

Las sucesivas fases de ocupación del conjunto romano han alterado profundamente los restos arqueológicos. Aunque en época islámica se reutilizó el conjunto, este aún se conservaba en pie, al menos en su mayor parte, siendo  en época moderna cuando el paisaje cambia completamente; el edificio romano no era  más que una acumulación de ruinas que son reutilizadas  para construir el hotel del siglo XVII.

Estas nuevas construcciones, parte de las cuales aún se conservan, utilizaron sillares procedentes del Santuario. Para abaratar costes cogieron  los materiales del lugar  más próximo al emplazamiento de la nueva edificación; por esta razón, el lado derecho del Santuario  se encuentra en peor estado de conservación.

Vinculado en el tiempo y en uso al Santuario está  la Cueva Negra de Fortuna, a poco más de dos kilómetros del primero. Aunque no se han encontrado restos arqueológicos de época romana en el interior del Abrigo, el carácter sacro de esta Cueva está fuera de toda duda, al menos desde época ibérica. Sendos yacimientos funcionaron al mismo tiempo e íntimamente relacionados; a la Cueva Negra acudían los visitantes del Santuario, era el lugar donde depositaban sus ofrendas a las divinidades salutíferas, donde pedían por su curación y a donde acudían cuando estas no habían satisfecho sus peticiones.

Las inscripciones de la Cueva Negra son, por tanto, una fuente clave para comprender el funcionamiento de este gran complejo religioso romano.

En 1981 se produce el descubrimiento de textos latinos pintados en el abrigo de Fortuna conocido como la Cueva Negra; con el inicio del estudio de estos grafitos comenzó el estudio sistemático de la Historia y la Arqueología de este municipio.  Poco tiempo después, en 1984 Gonzalo Matilla, realiza la primera Carta Arqueológica del Municipio, con el fin de contextualizar la Cueva Negra. Se da por primera vez noticia del yacimiento de Los Baños, en el que, además de abundantes restos cerámicos, destacaban dos cisternas de opus signinum que habían estado hasta hacía poco en uso como balsas de riego.

Poco después, se realizaron  las  primeras intervenciones arqueológicas, en el sector meridional del yacimiento, sacando a la luz un edificio, muy arrasado, relacionado probablemente con la construcción del Santuario y con el flujo de viajeros.

En diciembre de 1999, con la hospedería casi completamente excavada los trabajos se centran en otro sector del yacimiento, con tan buena fortuna que se hallan de inmediato la diaclasa de la surgencia termal de época romana y parte de los baños de época medieval  coincidiendo el sondeo realizado, justo con el lugar donde se encuentra la grieta natural de la que surgía  el agua termal y parte del graderío tallado en la roca.

Las excavaciones prosiguen en ese sector dirigidas por el Dr. Gonzalo Matilla Séiquer, profesor de Historia Antigua de la Universidad de Murcia. Las intervenciones realizadas desde el año 1999 hasta el 2006 han confirmado que durante la última mitad del siglo I a.C. y sobre todo durante la centuria siguiente la ladera oriental de la Sierra del Baño se transformó completamente, convirtiendo lo que era un manantial con aguas que presentaban ciertas propiedades salutíferas en un paisaje ordenado a escala humana.

Durante el siglo IV d.C. se constata una leve recuperación, coincidiendo con la revitalización económica del puerto de Cartagena; se realizan nuevas reformas en el interior del Santuario, construyéndose una balsa en opus signinum junto a uno de los laterales del edificio y ampliando los canales de evacuación de pluviales.

Pero esta mejora no fue más que un espejismo; la adopción por parte del Estado  del cristianismo como religión oficial, junto con  la progresiva desaparición de los cultos y festividades propios de las  religiones paganas, acentuó la crisis del Santuario de Fortuna.

Tras la danmatio memoriae promulgada por  Teodosio, y la ley de Honorio de 415 por la cual  se expropian los bienes de todas las corporaciones religiosas paganas, el Santuario, junto con la Cueva Negra, debió ser abandonado completamente; las excavaciones arqueológicas realizadas en los últimos años en el yacimiento han constatado un gran nivel de incendio junto a la piscina del edificio, fechado a finales del siglo IV d.C. que parece confirmar que el Templo fue saqueado y destruido, cuando más adelante, durante la Edad Media Islámica o la Edad Moderna, el nacimiento de agua termal de Fortuna vuelve a ser foco de inversiones para utilizarlo como lugar de baño público, no se ocupa la zona de las ruinas romanas, sino que se construyen de nueva planta nuevas edificaciones.